実際にWinUSBを使用しているわけではないので、参考までに。

今時のPCを使っている限り、ソフト（ドライバ）による速度低下は、極わずかではないでしょうか。
WinUSBを使わない場合でも、作り方にもよりますが、自ドライバ→バスドライバ、と2重の転送ルートがあるのは変わりません。
よほどシビアな速度を要求されるとなれば、関わってくるでしょうけど。

通信速度に大きく関わってくるのは、むしろハード側の要因の方が大きいのではないでしょうか。

WinUSB/UMDF のアーキテクチャでドライバを開発する場合には、USB Reset Pipeの問題など、デバイスの種類によっては適さない場合があります。

WinUSBを利用した開発を検討する場合には通常、通信速度よりもまず、開発しようとしているドライバが、WinUSBで開発可能かどうかを良く検討された方が良いかと思います。

KMDFやWDMでいまだに新規のUSBドライバを開発する理由は、実際、WinUSB利用のドライバでの開発では対応できない場合や、不安定な場合があるからです。USBというバス規格は結構いろいろな相性問題が付いて回るので、一旦WinUSBで開発したドライバでも、使いたい環境や、状況によってはKMDFで開発し直すことがあるという話も聞きます。

ご指摘の様にUMDFはリフレクタを介するので、その分性能余計なコンテキスト・スイッチが入り、理論的には性能が落ちるという事になりますが、それではどのくらい性能が落ちるのかは、WDKのEchoのサンプルで試しみれば良くわかると思います。

お二人とも情報ありがとうございました